游戲有幾個隱藏任務和事件，玩家完成這些我任務之后可以讓玩家轉職成為隱藏職業，或者是拿到隱藏的武器，其中最吸引人的還是洋蔥裝備了。

1、怪獸圖鑒和游戲統計

FF3DS版和FF系列復刻版類似，還是有怪獸圖鑒的。在浮游大陸基莎爾之村(有賣招出胖陸行鳥的基莎爾蔬菜以及開被鎖門的魔法鑰匙)內的旅店，在右邊有個隱藏通道，那里有個老者可以看到打死過的怪獸以及游戲中逃跑次數等統計信息。

2、隱藏職業洋蔥戰士

與長老トパパ進行通信，收到第4封信件“子供たちが行方不明じゃ!”說是村里的孩子去冒險時走失了，也就是那三個曾經欺負軟弱的黃發小孩。回到烏魯村見長老，長老說孩子去了祭壇洞窟，在祭壇洞窟2層可以見到被三個ボム圍住的孩子。打敗敵人后孩子交給了阿克水晶的碎片，眾人獲得了洋蔥劍士(たまねぎけんし)稱號。該職業初期很弱，在LV92級開始能力大幅提升，在LV99時各數值全部99，可以使用全部黑白魔法，同等級下使用魔法數量和賢者類似(即99級最多4個8級魔法使用次數)。但不能使用召喚魔法~~!!

3、莎拉公主首飾修理事件

收到莎拉第4封標題為“大變なの!”的信件!”，趕回到薩森城，在右塔頂層莎拉公主交給因格茲她壞掉的首飾(サラのペンダント)，去加斯村找鐵匠塔卡(タカ)，他也說修不了。再給鐵匠塔卡(タカ)發信，他回復(第4封回信)“傳說の鍛煉屋”。去薩洛尼亞西北村，在右上有個女鍛造屋，她稱其在尋找傳說的金屬。在幫助眾人修好了莎拉公主的首飾之后，請眾人幫她尋找幻之金屬オリハルコン。回薩森將首飾交給莎拉，得知這個首飾是她母親留給她的。

4、最終之劍：

アルテマウェポン 在完成“莎拉公主首飾修理事件”后，再給鐵匠塔卡(タカ)發封信，收到他第五封信“傳說の金屬オリハルコン”。再給施德(シド)發封信，獲得了他第4封回信“家の地下に!”!”，說是家里地下有怪物。去康南施德家里的密道(如果施德老婆還躺床上則喂她一個圣靈藥エリワサ-，再按墻上的燈，即可打開地下通道)，發現地道里有個アイオン(43級，HP10060，攻擊力98，防御力28，無弱點)，戰勝后發現地上落下了一樣金屬(なぞのきんぞく)，給施德看了之后知道這就是傳說中的幻之金屬オリハルコン。再去魔劍士之村法格巴多(フアルガバ-ド)武器屋右上方，可以看到女鍛造屋，將オリハルコン交給她后就可以得到攻擊力155的アルテマウェポン劍，該劍所有數值都會加14，是真正的最終之劍。女鍛造屋之后又去云游了。

5、職業最強武器及卡片

到處漂泊的女鍛造屋，可能有十個地方會遇到她：烏魯(ウル)村右邊井內、薩森城(サスーン)右塔的3層、基莎爾(ギサール)陸行鳥小屋、薩洛尼亞城(サロニア)地下2層(兩個黑魔道士所在房間的右邊隱藏通道下去)，古代遺跡的旅館，古代人之村的旅館、多瓦夫洞窟(ドワーフの洞窟)地下水前，召喚師之村(レプリト)最上方需要從后門進的屋子進門處)，杜加之村(通過海底進入的)中間大樹左上，回復森林(去小人村之前的森林)。(經測試，前十個職業會分別在十個地方出現，之后是隨機出現在各地方，以回復森林可能性最大，如果各地方都找不到可以多去那里看看) 找到她了之后如果職業熟練度為99(必須是當前職業)的話，會拿到一張該職業的MASTER卡片以及職業的最強武器(只能有一套)，即使隊伍中有多人99級職業熟練度，一次也只能拿一個最低職業人的，然后再去找她吧。卡片的作用是與他人通信時在信紙簽名里加上稱號。

6、隱藏BOSS

收到阿姆魯的4個老頭(4じいさん)的信“真の勇者とは”之后，可以得到薩洛尼亞的阿魯斯(アルス)的第4封信“サロニアの傳承”，然后出浮游城，往右邊飛不多遠(大概是浮游大陸與地圖下方大陸之間的中線位置)，可以看到海底有塊陰影。用鸚鵡螺號沉下去可以進入一個隱藏洞窟，那里貌似沒什么通路，正待離開，最終隱藏BOSSてっきょじん出現，它的級別81級，HP 199999，攻擊力255，防御力155，4回合行動，HP低到一定程度后會發動全員4000~5000左右HP的攻擊。沒有超強的實力不要去惹它吧。勝利或可以獲得金屬卡“メタルカ-ド”，在寫信中可以加入“ジャイアントスレイヤ-”稱號，在通信簽名中可以使用。

7、洋蔥裝備

在隱藏BOSS所在地方行走，會碰到有三種顏色的龍(紅龍、綠龍、黃龍)，他們都掉落洋蔥系列裝備。