首先選擇男/女主角，你的對手將是跟你性別相反的人物。給主角起好名字后就可以進入芳園地區啦。

接著，你會出現在天元鎮的一輛小貨車里。下車后，媽媽讓你上樓去調整時鐘。調好后下樓，媽媽說博士就在這兒，讓你去找他。來到隔壁的房間，上樓后調查一個精靈球，你的對手就會出現。對話后走出房子，往上離開天元鎮時，發現博士正被一只針鼠追趕，他讓你在旁邊的背包里選擇一只PM參加戰斗，趕跑針鼠。

NO.001 草蜥蜴 草系
NO.004 小火雞 火系
NO.006 小水狗 水系
（注：對手會選擇在屬性上克制你的精靈。）

趕跑針鼠后，博士會把你選的這只精靈送給你，并且要你去103號道路找他的孩子，也就是你的對手。穿過101號道路就是道吉鎮了，在右邊的屋子里有個大嬸會送你傷藥。道吉鎮上方是103號道路，在那里擊敗對手后，回到天元鎮的研究所，博士會送你圖鑒，對手也會給你5個精靈球。離開研究所，媽媽還會送你跑步鞋，之后就可以在前進的時候按住B鍵以2倍的速度跑步前進了。

穿過102號道路來到天元市，先去上方的訓練館。館主是你的爸爸，對話的時候會出現一個叫道夫的綠頭發男孩，幫他抓完感知獸后，爸爸會告訴你，讓你收集4枚徽章后再來這里挑戰。離開天元市，在104號道路發現一間無人的屋子，先不用理他，繼續前進。104號道路的上方是天元森林。在前進的途中會遇到天力公司的一名職員，他被水之團的一名小兵攔截了。擊敗小兵后會獲得一個超級球。走出森林，還是104號道路，在這里的一間屋子里可取得肥波鯨噴壺。繼續前進，抵達金水市。

以下是金水市訓練館的資料：
巖石系訓練館
NO.074 小拳石 12級
NO.074 小拳石 12級
NO.299 磁石怪 15級

走出訓練館，會遇到剛才的職員與小兵。上前對話后往右走到116號道路。在最右邊有條隧道，洞口有個老頭說他的小海鷗被水之團的人搶走了。進去后會看到剛才的小兵和小海鷗，擊敗他后會得到一個超級球，把小海鷗還給老頭后就可以回金水市了。找到剛才的職員，他會帶你到天力公司找他的BOSS，BOSS會送你一個導航機，還讓你給一個正在山木鎮、叫代后的人送信。之后在金水市下方會遇到對手，他會向你挑戰。

回到天元森林下面的無人小屋，跟剛才的老頭對話，他會送你到山木鎮。

以下是山木鎮訓練館的資料：
格斗系訓練館
NO.066 腕力 16級
NO.307 阿薩那恩 16級
NO.296 拳擊兔 19級

挑戰完畢后往西北走，有個山洞，進去后跟里面的礦工對話可得到秘傳機05閃光。山洞里需要使用閃光，在深處即可找到代后，把信給他后會得到招式機47鋼翼，之后如果回到天力公司找BOSS還會得到學習裝置。再去找那個老頭，他會送你去卡依市。

剛到達卡依市，會發現在水族館門前有許多水之團的人。在下方的造船廠二樓跟一名老伯對話后，就可以進入水族館了。在二樓擊敗兩名小兵后即可離開卡依市。

在110號道路會遇到對手，以下是對手的資料：
小海鷗
無殼蝸牛
草蜥蜴 20級

擊敗他后可獲得探寶儀。繼續前進可到達銀葉市。在訓練館門前會遇到道夫，跟他對戰后才可以進入訓練館。
以下是道夫的資料：
感知獸 16級

以下是銀葉市訓練館的資料：
電系訓練館
NO.100 雷電球 20級
NO.309 疾電狗 20級
NO.082 三合一磁怪 22級
NO.310 電氣狗 24級

在精靈中心右邊的屋子里可獲得一輛自行車，有快速自行車和跳躍自行車兩種，分別有不同的功能，以后可隨時來換車。在右下角的屋子里可獲得秘傳機06碎巖。往左走是117號道路，這里有飼養屋，可放精靈到這里生蛋。繼續前進就到西達鎮了。

在西達鎮的上方有條隧道，把路上的巖石用碎巖劈掉后可獲得秘傳機04怪力。回到銀葉市，往上走來到111號道路，這里有競速塔，上方是沙漠地帶，暫時還不能進去。往右走，在112號道路那里有一條火之捷徑，走過去后發現已經穿過了沙漠地帶。繼續前進，穿過113號道路后來到哈吉鎮。

哈吉鎮的左邊是114號道路，繼續前進會到達流星瀑布。在流星瀑布里面會遇到水之團和熔巖團的人，對話后得知他們正在爭奪一顆化石。之后回到112號道路，在火之捷徑的旁邊有纜車，乘坐纜車即可到達凹凸山的山頂。擊敗熔巖團的首領后可取得化石，之后可會哈吉鎮把化石交給之前在流星瀑布里的那名研究員。
以下是熔巖團首領的資料：
惡嘯狗 24級
火山駱駝 24級
超音蝠 24級

下山后可來到飛音鎮。
以下是飛音鎮訓練館的資料：
火系訓練館
NO.218 無殼蝸牛 24級
NO.322 沙漠駱駝 24級
NO.323 火山駱駝 26級
NO.324 火山烏龜 29級

走出訓練館會遇到對手，他會給你一個躲避沙塵暴的道具，以后就可以去沙漠了。（注：在沙漠里有一座時有時無的虛幻塔，在里面可撿到一塊化石。）現在已經收集夠4枚徽章了，回到天元市，向爸爸發出挑戰。
以下是天元市訓練館的資料：
普通系訓練館
NO.327 圈圈兔 27級
NO.264 大針鼠 29級
NO.288 狂暴猴 27級
NO.289 大猩猩 31級

打敗爸爸后，道夫的爸爸會出現，并送你秘傳機03沖浪。在這同時，之前開船的那位老頭也會回到家里。去銀葉市，在右邊使用沖浪來到118號道路，在這里會遇到代后。往上走是119號道路，這里有高草，只能走路前進。在119號道路的最上方，有一間氣象臺，里面被水之團占領了。

擊敗二樓的Boss后，氣象臺所長會送你一只天氣小子。
以下是水之團小頭目的資料：
三色鯊魚 28級
惡嘯狗 28級

出氣象臺，過橋后會遇到對手，以下是對手的資料：
無殼蝸牛 29級
荷葉童子 29級
草蜥蜴 31級

打倒他后會得到秘傳機02飛天。繼續前進來到日川市。日川市的訓練館門前不知有什么東西擋住，無法進去，只好繼續趕路。

在120號道路的橋上會再次遇到代后，他告訴你那種透明的東西是隱身龍變的，并給你一瓶可令隱身龍顯身的噴霧劑，讓你擊敗前面的隱身龍（30級）。回到日川市，對訓練館門前的隱身龍使用噴霧劑即可進去。
以下是日川市訓練館的資料：
飛行系訓練館
NO.333 彩云雀 29級
NO.357 熱帶雷龍 29級
NO.279 海鷗 30級
NO.227 鋼鳥 31級
NO.334 大云雀 33級

繼續前進，在121號道路會遇到熔巖團的人，來到阿田市后發現城市已經被水之團占領。在上方的百貨大樓門前會看到對手，在這里可與對手進行聯盟比賽前的最后一次比賽，以下是對手的資料：
香蕉葉龍 31級
無殼蝸牛 32級
海鷗 32級
草蜥蜴 34級

打敗他后，他就飛回家去了。在阿田市最右邊，發現入海口被肥波鯨封鎖，從水之團的小兵口中得知熔巖團大軍壓至落日山。在121號道路使用沖浪來到122號水路，水路中間的小島既是落日山。上山打敗熔巖團的人吧。

回阿田市通過小道消息打聽到在凹凸山異常現象，立即飛往飛音鎮，坐纜車上山。上到山頂后往下走，會有一陣地震，之后在山腰上會出現一個山洞，里面就是熔巖團的秘密基地。在深處遇到熔巖團首領，古拉頓也在那里。對話后要與首領對戰，以下是熔巖團首領的資料：
惡嘯狗 37級
黑蝙蝠 38級
火山駱駝 39級

對話后古拉頓逃跑，熔巖團首領也離開。

之后飛到卡依市，在上方的船廠里發現潛水艇被水之團盜走。飛回阿田市，在右上方的水域里可進入水之團的秘密基地，在深處發現水之團的首領已坐著潛水艇逃走。另外，在這個基地里還可撿到一個大師球。離開秘密基地，往右穿過124、125號水路，即可來到道谷市。
以下是道谷市訓練館的資料：
超能力訓練館（2 VS 2模式）
NO.278 天然鳥 41級 and NO.344 三合一土偶 41級
NO.337 月神石 42級 and NO.338 太陽神石 42級

在道谷市右邊有一所研究所，里面被熔巖團占領。來到二樓，發現代后正被一個小頭目和首領纏住，上前便可與代后組隊作戰，每人可用3只精靈。
以下是熔巖組資料：
火山駱駝 36級 and 惡嘯狗 42級
火山駱駝 44級 and 大嘴蝠 40級
黑蝙蝠 43級 and 惡嘯狗 38級

以下是代后的資料：
NO.375 雙臂恩古 42級
NO.227 鋼鳥 43級
NO.306 鋼甲暴龍 44級

打敗熔巖團的人后，去道谷市左上角的屋子，代后會送你秘傳機08潛水。離開道谷市，在127號水路使用潛水，在水中一直往下走，進入一個洞窟，發現潛水艇就在這里。上岸后擊敗路上水之團的人，來到深處，遇到水之團首領，還有海皇牙。對話后要與水之團首領對戰，以下是水之團首領的資料：
惡嘯狗 41級
黑蝙蝠 41級
大鯊魚 43級

回話后海皇牙溜走，首領也離開。離開洞窟，上岸后發現天氣大變，還會遇到兩個團的首領與代后。

游到126號道路，使用潛水，在中間上浮，即可到達雙鹿市。古拉頓和海皇牙正在這里戰斗。與代后對話，他會讓你進入覺醒寺。在覺醒寺深處找到Wallace，對話后他讓你去天柱找他。離開雙鹿市，游到131號水路，在水路的中間往上拐即可抵達天柱。在天柱頂層遇到天空之龍后，即可飛會雙鹿市。

回到雙鹿市，等天空之龍化解了災難后，可獲得秘傳機07登瀑，之后可以去打訓練館。
以下寺雙鹿市訓練館的資料：
水系訓練館
NO.370 心形魚 41級
NO.364 古拉海象 43級
NO.340 地震魚 41級
NO.342 鋼鉗螃蟹 43級
NO.230 海馬龍 46級

在128號水路使用登瀑即可抵達精靈聯盟前面的冠軍之路，在這里需要使用秘傳機03、04、05、06、07才能過去。在冠軍之路1層會遇到道夫，以下是道夫的資料：
大云雀 44級
超能女皇 45級
芭蕾玫瑰 44級
圓耳貓 43級
三合一磁怪 41級

闖過冠軍之路后就抵達精靈聯盟了。門衛驗證你擁有所有徽章后即可為你打開勝利的道路。

以下是四大天王and冠軍的資料

天王1－Sidney，邪惡系天王
NO.262 惡嘯狗 46級
NO.359 災獸 49級
NO.342 鋼鉗螃蟹 48級
NO.275 天木狗 48級
NO.332 塔斯仙人掌 46級

天王2－Pheobe，鬼魂系天王
NO.356 黑乃伊 48級
NO.354失眠鬼 49級
NO.354 失眠鬼 49級
NO.302 地獄超人 50級
NO.356 黑乃伊 51級

天王3－Glacia，冰系天王
NO.364 古拉海象 50級
NO.364 古拉海象 52級
NO.362 巨頭冰怪 50級
NO.362 巨頭冰怪 52級
NO.365 海象牙王 53級

天王4－Drake，龍系天王
NO.372 龍龍貝 52級
NO.330 蜻蜓龍 53級
NO.230 海馬龍 53級
NO.334 大云雀 54級
NO.373 血翼飛龍 55級

聯盟冠軍－Wallace
NO.321 巨鯨 57級
NO.350 美麗龍王 58級
NO.073 毒刺水母 55級
NO.272 荷葉鴨 56級
NO.130 暴鯉龍 56級
NO.340 地震魚 56級

打敗冠軍后，你就成為了新一屆的聯盟冠軍，之后Wallace會帶你進入冠軍殿堂，記錄你的精靈。之后就通關了。

通關后，你會回到家里。爸爸會給你一張船票，以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看電視，上面說有不明精靈在芳園地區飛行，媽媽問你是藍水督還是紅水督，你選擇哪只，以后就會遇到哪只水督。走出屋子，博士會幫你把圖鑒升級為386版，之后在芳園地區就可以抓到金銀版的精靈了。

坐船來到戰斗樂園，這里是以前戰斗塔的所在地，現已改建為更大的對戰地區……這里有7種對戰設施，暫時不一一作介紹。在樂園的最右邊，會看到一個奇怪的樹，對著它使用肥波鯨噴壺，就會出現騙人樹，40級。收服騙人樹后，在它擋住的地方使用沖浪，一直往左走可進入一個洞窟，在里面有大量的畫畫犬。

暫時離開戰斗樂園，在119號道路的氣象臺所長那里得知，某號道路（隨機變化）的天氣有異常狀態，之后立即到那條道路。如果那里是出大太陽，則要尋找一個山洞，古拉頓在里面；如果那里下大雨，則要尋找一小塊可以潛水的水域，里面呆著海皇牙。兩只神獸各70級。

去天柱，2樓需要用快速自行車沖過去（3格加速）。在樓頂有70級的天空之龍。

看過電視后，在芳園地區的某條道路會隨機出現紅/藍水督，40級。

三神柱事件:

先去134路，和RS里一樣，到一塊在急流里可以潛水的地方，到洞底，閱讀墻上的文字，再使用挖洞（DIG），門會打開。進門，閱讀文字，把321號放在第一位，把369號放在最后再讀一遍，會發生地震，所有神柱的門會打開。

1.巖（377）：
他的洞在沙漠南邊，到了以后，閱讀墻上的文字，然后向左走兩步，向下走兩步，使用碎石（ROCK SMASH）門會開，等級是40
2.冰（378）：
他的洞在105路上，到了那里后，閱讀文字，然后順時針圍繞洞跑一圈（一定要靠墻）跑完后，門就會開，40級
3.鋼（379）：
最后的洞在120路上，找到后，讀墻上的文字，走到房間中間，使用閃光門就會開，40級

當你收集了100種PM時，博士會給你以下三只精靈的其中一只：
NO.153 小花獸
NO.155 火嵐獸
NO.158 小鱷魚

剩下的就要你自己去探索了。THE END.