咱花了1天的時間一口氣通關，游戲劇情非常贊，有種看大片的感覺~~~不過因為設計到了時間旅行，所以劇情很容易繞暈人的，因此我整理了下這游戲的時間線，希望對大家的劇情理解有幫助。

游戲開始時主角墜落在了Kartoga-12島上，這時候的島是處在正常時間線的，因為在1950的奇點爆炸（游戲背景有介紹），D博士（將軍）死在火災里，B博士沒了D博士的幫助沒能發明出TMD，再加上奇點的出現，因此蘇聯放棄對E99的開發，并把小島封存了，因此這時候的小島上是沒有怪物和MIA12的士兵的，也沒有奇點反應爐那沖天光柱，而主角就在這時進入了K12研究院的廢墟（這里有個細節要注意，斯大林頭像背后的沙盤后面只是一堵墻）然后奇點爆炸，主角穿越時空來到了1950剛爆炸的研究院，并在火海中救了D博士（將軍），讓整個時間線在1950硬拐了個彎，所以當主角再次回到2010時，整個小島就發生了變化，D博士沒死在火災中，對E99元素的研究便沒有中斷（還記得沙盤后面的墻么，現在變成了門，說明在1950的火災后，研究院沒有被廢棄，而是在繼續擴建），而B博士在D博士的幫助下，在1955年發明了TMD。這時候D博士看出了TMD的價值，想要獨吞這項發明，而B博士拒不交出TMD，結果D博士發動了政變，占領了小島并殺死了B博士，沒有得到TMD的D博士轉向了其它研究，獨自開發了E99炸彈并把奇點改造成了反應爐，還試圖利用E99改造人體創造出超級士兵，結果出現了各種怪物。

當主角從1950返回到被改變的2010，看到的是遍地的怪物，MIA12的士兵和之前沒有的反應爐的光柱，主角的任務也從調查小島變成了阻止反應爐的爆炸。在前往反應爐的路上，主角被MIA12的將軍（D博士）俘虜，將軍向他追要TMD，而主角根本不知道他在說什么，就在快被槍決的時候被女主角救下，并給主角出示了預言書，上面說主角將會拿到TMD并返回1955救下B博士并阻止將軍，于是主角在預言書的指引下拿到了TMD，并認命的跑回1955救下B博士，然后在B博士的指揮下穿梭于1955和2010之間收集物品，升級TMD，順便打打小怪獸，調教下新舊士兵，一路跌跌撞撞的來到了反應爐處，然后把E99炸彈帶到了反應爐沒崩潰的時代引爆，試圖阻止反應爐的崩潰，可是當主角回到現代的時候卻發現反應爐依然崩潰在即，一轉身卻發現了將軍出現在B博士身旁，在一堆廢話后，主角才知道原來一切的起因都是他在1950的火場上救下了將軍，要結束這一切只有返回1950去殺掉救下將軍的自己。

這時候故事就進入了尾聲，根據你做出的選擇游戲有3個結局和1個無限輪回：如果你殺死了B博士，那么你會幫助將軍修復E99反應爐并用自己的TMD和將軍征服世界，MIA12先解決了蘇聯，然后吞并了全世界，最后將軍覺得主角功高蓋主，于是在被征服的美國開發自己的TMD，世界進入了新的冷戰格局。如果你把將軍和博士都殺了，那么沒人能阻止反應爐的爆炸，這次爆炸摧毀了阿拉斯加和西伯利亞，MIA12的殘余份子到處尋找殺害將軍的兇手（主角），E99的擴散導致怪物急劇增加，最后摧毀了美國和蘇聯，主角卻在殺了博士和將軍后失蹤，后來在被摧毀的美國出現了救世主，據說是擁有神之手的男人。

最后一種結局和無限輪回是一體存在的，主角殺死了將軍，然后回到了了1950的火海，看到正背著D博士（將軍）的自己，這時有2個選擇，不開槍，那么現在的主角死在了火海，而過去的主角將重復你所經歷的一切，進入了無限的輪回；開槍殺死自己，就會發現自己出現在沒登上小島前的直升機上，然后基地傳來通訊，取消了小島的探查任務，一切都結束了，時間回到了正常軌道，不是么？等等，好像漏掉了什么，你看見海上的雕像從拿鐮刀的手變成了B博士裝著TMD的雕像，和你一個編隊的直升機上打的是蘇聯的LOGO，你的隊友拿的武器從美式武器變成了AR9突擊步槍，從這一切我們可以推斷出時間線并沒有回到正常，依舊在1950拐了個大彎，永遠的改變了，在你殺死自己之后發生了什么，游戲沒有交代，根據結局的細節，我推測可能是最后D博士沒有死，而是受了很重的傷，因為當主角殺死自己的時候，D博士已經被過去的主角從那個必死的洞里救了出來，后來可能因為受傷，D博士沒能掌控住全島，而B博士成為了E99研究項目的主管，最后開發出了TMD幫助蘇聯掌控了全世界，所以在這個結局看到了有蘇聯LOGO的直升機、AR9突擊步槍和B博士的雕像。結果這個游戲的3個結局都只能幫你從無限的循環中解脫，卻無法將時間線修復正常。