游戲劇情方面，《孤島危機(jī)2》延續(xù)了老套的科幻游戲風(fēng)格，故事情節(jié)繼承了上代作品，但內(nèi)容與一代也有很大變化。游戲中的戰(zhàn)場已從秘密叢林戰(zhàn)轉(zhuǎn)向了公開、大規(guī)模的現(xiàn)代城市戰(zhàn)爭。故事發(fā)生在距一代3年后的2024年。外星人在地球上的大片區(qū)域挑起了戰(zhàn)爭，各大城市都遭到攻擊，人口銳減，玩家將要進(jìn)行捍衛(wèi)地球的末日戰(zhàn)爭。游戲主戰(zhàn)場因此改變至紐約，由于外星病毒感染，紐約的居民被迫疏散，紐約成了一座“孤島”。同時(shí)更有神秘勢力Crynet出現(xiàn)，《孤島危機(jī)2》的世界比起前作更加兇險(xiǎn)刺激。玩家將控制主角 "Alcatraz"，在奄奄一息時(shí)被Prophet救起，并穿上了了《孤島危機(jī)》標(biāo)志性的納米服 -- 一件擁有先進(jìn)AI的戰(zhàn)斗裝甲。而等待著主角的卻是更為多舛的命運(yùn)。

在《孤島危機(jī)2》中，納米服就好比玩家觀察這個(gè)世界的鏡頭。同時(shí)它也為整個(gè)游戲帶來了巨大的凝聚力。一旦你點(diǎn)擊“開始游戲”按鈕，你的所有行動(dòng)和看到的一切都會(huì)在第一人稱視角發(fā)生。納米服有三種模式：“潛行模式”基本可以讓你隱身；“力量模式”會(huì)增強(qiáng)你的近身攻擊能力，并大幅提高你的移動(dòng)速度和跳躍高度。“裝甲模式”大幅提高你的防御力，把你變成一輛“移動(dòng)的坦克”。每種能力都會(huì)在不同程度上消耗納米服的能量。而《孤島危機(jī)2》的根本就在于如何恰當(dāng)利用好這些能力，找到組合它們的新方法，并出其不意地運(yùn)用它們。

《孤島危機(jī)2》的成功之處在于，它用一個(gè)支離破碎的紐約城為廣大玩家呈現(xiàn)了一個(gè)極具多樣性的游戲舞臺(tái)。《孤島危機(jī)2》的亮點(diǎn)在于玩家可以盡情將那件“無所不能”的納米服發(fā)揮到極致，而最美妙的時(shí)刻在于，玩家在回過神來后才會(huì)感嘆道到：“什么？我剛才真的做到了那個(gè)？”納米服的AI可以顯示戰(zhàn)術(shù)要點(diǎn)，可以讓玩家標(biāo)記戰(zhàn)術(shù)點(diǎn)或元素，比如武器隱藏處和敵人出現(xiàn)的地點(diǎn)。再后來就完全靠玩家自己了：你是選擇冒著敵方強(qiáng)大的火力沖入正門，還是用“潛行模式”從側(cè)翼奇襲敵人，將對(duì)手一個(gè)個(gè)暗殺掉？

敵人AI很不錯(cuò)，且令人感到真實(shí)。沒錯(cuò)，你可以埋伏起來突襲敵人，但如果你稍不小心，就會(huì)遭遇到敵人有組織的反擊，這時(shí)你需要快速找到對(duì)策。每次你玩時(shí)大部分戰(zhàn)斗都會(huì)有不同的走向。多虧《孤島危機(jī)2》的環(huán)境設(shè)計(jì)，它不僅是橫向的，還擁有極高高度 -- 你可以向上走，找到從高處打擊敵人的方法。當(dāng)你在對(duì)付Crynet的準(zhǔn)軍事力量時(shí)，從高處向下發(fā)起進(jìn)攻非常有效，給你一種捕殺獵物的快感。但在面對(duì)外星異形Ceph時(shí)，局勢就完全反過來了。你不僅要關(guān)注自己的前進(jìn)路線，還要時(shí)刻提防身手敏捷的對(duì)手隨時(shí)隨地可能發(fā)起的突襲。盡管你是孤軍奮戰(zhàn)，但眾多可使用的裝備能讓你以智取勝，有種“四兩撥千斤”的感覺。