故事劇情是發生在1961年-1968年之間，玩家除了有一關是Reznov的回憶之外，另外的故事主線劇情基本都是Reznov與Dimitri這兩個人物來并肩作戰，玩家主要的故事劇情是集中在1945年。

背景

二戰后期，帝國（納粹德國）意識到戰敗已成定局，于是開始研究“非常規方案”，之后代號為nova 6 的研究計劃啟動，由生化博士Dr. Friedrich Steiner帶隊的納粹科學家（其中有一位叫clarke的化學工程師）成功研制出一種毀滅性的大規模殺傷性毒氣，納粹甚至已經計劃好通過V2導彈和毒氣對盟國發動襲擊，準備先對華盛頓和莫斯科下手。幸運的是在這千鈞一發的時刻,運載毒氣的貨輪剛巧在北極圈附近被英軍的轟炸機炸擱淺了，更倒霉的是德軍還沒來得及回收毒氣盟軍已經攻陷了柏林，大當家（希特勒）自殺了，德國投降，這樣毒氣已經沒有存在的必要，德軍曾暗中派遣一支SS黨衛軍部隊前往保護擱淺的貨輪，并準備萬一貨輪遭襲擊就銷毀毒氣。但是Dr.Steiner是個有野心的人，他不甘心就這么結束，暗中聯系了蘇軍中的某軍官Dragovish（本作頭號BOSS）。于是，蘇軍計劃了一次奧林匹斯行動（operation olympus）。

劇情按時間線編排

1945年10月29日，Dragovish和他的副官Kravchenko（本作第二號boss）帶領蘇軍第三突擊集團軍（3rd shock army）突襲貨輪殘骸，在這次行動中，原5代的蘇軍戰役豬腳Dimitri Petrenko和Viktor Reznov（dimitri就是5代中玩家控制的角色，而Reznov就是那個蘇軍戰役第一關指導玩家狙擊德軍軍官的那個老頭，之后幾關也常有露面，嗓門很大的一個家伙）也客串一了下，5代中蘇軍最后一關，dimitri和raznov攻入柏林帝國議會大廈，dimitri在勝利的最后關頭中了冷槍最后堅持把蘇聯國旗插上帝國議會大廈樓頂，之后這兩個老兄剛巧被分配到第三突擊集團軍參加了這次行動。

行動非常順利，在Dragovish、Kravchenko、Dimitri、Reznov的帶領下，蘇軍很快突入德軍內部，找到了Dr. Steiner然后順利拿到了毒氣（毒氣沒有被黨衛軍銷毀，大概是進攻太快了沒來得及）。這時，Dragovish想試試毒氣威力，同時主要也是為了滅口，將Raznov和Dimitri的部隊逮捕，之后就在那個貨船中，Dimitri在密閉倉里被毒氣毒死，死狀非常慘，而Raznov在剛要被毒死的時候，英軍特種部隊剛好殺到（應該是來搶毒氣的），Dragovish和Steiner等人立刻溜了，而Raznov和幾個幸存的弟兄在混亂中從英軍和蘇軍中殺了出來，并成功將貨輪炸沉，這樣英軍沒有獲得毒氣(大概也不知道有這玩意兒)，但是Dr. Steiner還活著，毒氣并沒有完全消失。之后Raznov不知什么原因被蘇聯抓獲，關在了vorkuta勞改所。

1961年4月17日，美國對古巴發動豬灣行動，歷史上真有這次行動，不過游戲中的劇情和歷史完全不同，CIA特工Mason（本作豬腳）和隊友woods、bowman奉命刺殺Fidel Castro（古巴GCD第一主席）。行動非常順利，三人順利殺入古巴軍內部，Mason親手殺死Castro，woods還上前補了好幾槍，之后三人順利登上逃亡的飛機，但是在飛機在跑道上啟動時，Mason看到敵人有大量裝甲車和防空炮趕來，毅然跳下飛機利用路邊的一座防空炮消滅敵人大量裝甲車，之后隊友的飛機順利起飛并逃走，而Mason被古巴GCD抓走。之后Mason醒來，發現自己在某海邊，旁邊有一艘寫有RUSALRA的大貨輪（這實際上就是Dragovish發布廣播的秘密通訊基地），而Castro竟活生生站在自己面前，另外還有Dragovish和Kravchenko！通過他們的談話得知Castro早已知道CIA的刺殺計劃，Mason他們殺死的那人只不過是個替身，之后Castro將Mason當做“禮物”交給Dragovish，并請Dragovish折磨Mason。之后Dragovish和Dr.Steiner似乎有另一個秘密研究，他們將某些犯人進行洗腦，讓其為自己服務。由于Mason本就是CIA特工，很適合拿來作殺人工具，他們對Mason實施了洗腦，灌輸了刺殺美國總統肯尼迪的命令！同時還在Mason大腦里植入了一套密碼破譯程序！但是Mason不是普通人，他有超強的意志，對他的洗腦失敗了，于是Dr. Steiner放棄了Mason，將他發配到vorkuta勞改所。

Mason來到了vorkuta，之后他遇到了Raznov，并和其成為了好朋友。Raznov一心想要報仇（Dragovish不止一次背叛他，而且Dimitri的仇當然也要報），但是憑他自己似乎實力不足，然后他發現Mason身手不凡，于是計劃讓Mason幫忙，奇怪的是Raznov對洗腦的事情竟然也知道一些，他偷偷的對Mason灌輸了：“Dragovish、Kravchenko、Steiner都必須死！”這么個思想，而且他成功了（真扯淡，不過也可能是因為Mason和他是好友的關系，反正他的洗腦成功了）。之后他計劃將Mason送出去。而Mason自己對于被洗腦的事情一點都不知道，而且他的大腦在洗腦中似乎有損傷，之后他在執行任務的時候經常會產生幻覺，認為Raznov在和他一起戰斗，其實那時候Raznov老早死了。

1963年10月6日，Raznov領導其他勞工發動了計劃好的暴亂，混亂中大量勞工被殺，Mason和Raznov并肩作戰，最后成功殺了出來（其中有駕駛摩托車的逃亡的部分，那個散彈槍單手填彈的動作真TM帥），最后Raznov成功送Mason跳上路過的一列貨運火車，而他自己為了讓Mason能成功脫身而駕駛卡車朝另一個方向開去以吸引追兵的注意。之后Mason成功逃出，而在后來Hudson的分析中得知Raznov自己沒成功，在這次逃亡中被殺死了。之后劇情中Raznov經常會在關鍵時刻出現幫助Mason，那實際上都是Mason的幻覺。

一個月后，1963年11月10日，Mason回到了五角大樓，在通過忠誠測試后，又重新成為CIA特工，Jason Hudson成為了他新的handler（這個不知道怎么翻譯，如果你玩過細胞分裂，那個蘭伯特就是費舍的handler）。肯尼迪總統親自召見了Mason，給了他一個刺殺Dragovish的任務，Mason當然接受了任務。

一周后，1963年11月17日，CIA實施了閃電行動，幾名特種部隊戰士（Woods、Mason、Bowman、Weaver、Brooks）襲擊了蘇聯的baikonur太空基地，任務包括：破壞蘇聯的遠程導彈（火箭），消滅蘇聯激進分子（包括Dragovish）以及一些投降蘇聯的納粹科學家，Weaver在這次行動中被弄瞎了一只眼，最后眾人殺到火箭控制臺卻發現控制臺壞了，無法停止發射遠程導彈（火箭）。但是蘇聯的科學家想的太周到了，他們早已考慮到萬一有員工不小心發射了火箭而控制臺剛好失靈無法終止的情況，于是事先在控制臺門口存放了一支火箭發射器用來把火箭打下來，之后Mason執意要找到Dragovish并親手殺死他（被洗腦的后果），但是Dragovish早已逃走。

1968年的1月21日，Mason和Hudson被編入SOG小組到越南調查蘇聯暗中在越南行動的證據，這關的實際內容和劇情沒多大關系，Mason他們剛到剛好碰上北約GCD大舉進攻，于是突突突了一把。。。最后還遇到了Bowman。

2月2日，美軍并沒有找到蘇聯介入越南戰爭的證據，同時美軍在越南已經面臨失敗，但是SOG并不愿意放棄，毅然空降到混亂的hue city尋找證據，在某幢大樓里，Mason找到一份檔案，竟然是關于nova計劃的！之后眾人突突突，然后回家了。

一周后，2月9日，通過對文檔的研究，CIA發現了其中一個線索：化學工程師Clarke，很快CIA便確認了Clarke的地址：香港九龍！于是Hunson和Weaver便被派到香港九龍抓住Clarke并審問，Clarke說出了Dr. Steiner及其實驗室的地址，但是沒等Clarke說出更重要情報，蘇聯特種部隊殺到了。Hudson和Weaver畢竟是特種部隊的人，非常強悍的拔槍就打，但是更強悍的是Clarke！這家伙竟然早有準備，釋放了事先布置好了毒氣（他竟然也有毒氣、、、），蘇軍特種部隊頓時死了好多，然后Clarke帶領Hudson和Weaver逃到某小房間里（是的，你沒看錯，是Clarke帶著Hudson和Weaver逃，不是Clarke在前面逃Hudson他們在后面追），然后Clarke打開一個密室，里面竟然是個私人軍火庫，之后三個人拿上武器突突突了一把，途中Clarke說出了一串數字，但是在他剛要說出這串數字的含義的時候卻被流彈打中掛了。而Hudson和Weaver繼續突突突，最后安全撤退。

于此同時，2月9日（和上一關同一天），根據之前找到的文檔，CIA懷疑Kravchenko上校（Dragovish的二當家）在越南進行毒氣測試，同時CIA得知Col. Kravchenko在越南北部，于是在越南的SOG小組（Woods、Mason、Bowman三人組）便被派往越北搜尋證據并除掉Kravchenko，但是他們搭乘的飛機在途中被擊落了，之后反正一路殺過去，最后Mason在越軍的一處洞穴里發現了Kravchenko的通訊站，但是Kravchenko早已逃走，Mason只拿到些資料。

2月11日，從Hudson那里得到消息說有一架裝載nova 6 毒氣的蘇聯運輸機在老撾邊境墜毀，于是SOG（Woods、Mason、Bowman）半夜趕往老撾搜尋飛機殘骸，最后發現殘骸里根本沒有nova，這時隔圈套，之后三人被大量圍攻來上來敵人俘虜。玩到這里順便說下游戲的配樂，本作的配樂本身還算不錯，但是和游戲場景完全不搭配，所以玩著就覺得沒有像現代戰爭2那種帶入感，不過這關是個例外--開頭一群美軍開著炮艇扛著火箭筒掛著機槍聽著鄉村音樂然后強拆越南民房。。。就像某兄說的“這是怎么樣的一種來福斯代爾....”。

2月18日，CIA竟然沒有組織對Mason他們的營救行動，大概是以為他們已經掛了吧，由于之前從Clarke的口中得知了Dr. Steiner以及他的實驗室的地址--烏拉爾山脈的亞曼托山上，于是Hudson、Weaver、Harris、Brooks四人便被派過去搜尋相關資料并抓捕Dr. Steiner。這次任務中Harris掉下懸崖犧牲了，其他人最后找到了Steiner的辦公室，但是Steiner并沒在這個基地，整個基地布滿了炸彈和導線。這時Steiner破解了Hudson等人的無線電頻率并聯系到了他們，Steiner告訴他們Dragovish正在清理所有與nova 6有關的設施和人員（nova 6 已經研發完畢Dragovish又要滅口了），他自己也即將遭殃。而且Dragovish在美國布置了大量毒氣倉，只要通過廣播特定的密碼這些毒氣倉就會自動開啟。dragovish將在36小時內開始廣播（實際上后來不知為什么毒氣釋放時間推遲了很多，當然也可能是Steiner在這里稍微夸張了一下），只有Steiner知道如何停止廣播，同時他又說了自己所在的基地--咸海的重生島，言下之意就是要美軍去那里救他了。之后Weaver拍了下毒氣倉的布置點，然后大家便殺出基地返回。

2月19日，劇情回到Mason等人這邊，上次被捕后，Mason三人被關在老撾某處審訊。越共實在太幼稚了，SOG這種美國最精銳的特種部隊，一個人空手殺死十幾個帶槍的民兵那是很可能的，而Mason和Woods在審訊室里連手銬腳鏈都沒有的戴，房間里總共5個人，兩個士兵在后面懶散地坐著，其他三個圍著Mason和Woods審問（Bowman之前由于不配合被那個軍官打死了），而Mason和Woods竟然坐在那里玩俄羅斯轉盤（臥槽），大概是不說出情報就要一直玩下去。之后兩人找到機會殺了幾個看守逃了出來。為了報仇，兩人沒有直接走掉，開著搶來的飛機又殺到另一處基地路狂殺，到最里面后竟然發現Kravchenko就在這里，于是順便把Kravchenko殺了，不過在最后一個Kravchenko拉開手雷并拖住Woods，兩個人最后同歸于盡。這樣最后回到CIA的只有Mason一人。

2月23日，Mason回到總部后也得知了Steiner的地址，由于擔心美國找到Steiner和毒氣后也會想Dragovish那樣不會銷毀毒氣而是用來對付敵人（蘇聯），當然更主要的原因是他腦子里有“Dragovish、Steiner、Kravchenko都必須死”的信念，所以他一定要親手殺死Steiner（或者親眼看到Steiner死），于是他便獨自前往重生島刺殺Steiner。其實這時候，Hudson等人已經在去重生島救Steiner的路上了，不過由于Hudson他們是正面殺入，而Mason是單人從后方潛入，最后Mason稍快幾分鐘，成功殺了Steiner。之后Mason被Hudson等人打暈帶回總部。

接下來就是游戲一開始的時候就出現的審訊室場景了，時間大概是2月25日，幕后審訊者實際上就是Hudson和Weaver。在審訊中經常能聽到有人在讀奇怪的數字，這實際上就是Dragovish的廣播，廣播已經開始了！不過釋放毒氣的指令似乎還沒有下達，但危機已經迫在眉睫，由于Steiner已經死了，沒有人知道Dragovish的廣播站具體位置，而Mason由于之前被植入過密碼翻譯程序，所以只有他有可能翻譯密碼，從而找到廣播站地點。于是為了幫助Mason記起密碼破譯程序，Hudson幫助Mason回憶了這些年來的經歷（就是游戲內容），但是最后Mason還是沒想起來。直到最后Mason在聽了Hudson說了事情真相之后，仔細聽了一段廣播，想到了一個詞：RUSALRA--這就是1961年Mason在古巴被捕后曾看到的那艘船的名字，而那艘船具體是在古巴某處！

2月26日，CIA很快就找到了RUSALRA的具體位置并對其發動了攻擊，當Mason等人突入輪船內部后，發現實際上Dragovish在輪船的正下方建了一座秘密水下廣播站，那才是廣播源。這時候Weaver收到消息海軍將在15分鐘內炸毀輪船和水下廣播基地，但是Mason堅持要下去親手殺死Dragovish（被Raznov洗腦的后果）。之后Hudson叫Weaver先上去，然后和Mason潛下了廣播基地，最后兩人真找到并殺死了Dragovish，然后二人安全返回海面。游戲結束。

不過游戲結束后又出來一段過場，某個播音員仍在那里念那些數字，廣播還在繼續？或者廣播站不止一個，還有另一個廣播在在播放密碼？而最后在肯尼迪遇刺的照片上，背景人群里竟然出現了Mason的身影。。。。。。

(全劇終）