《永夜協(xié)奏曲》的故事發(fā)生在十世紀(jì)初，作為西大陸上最大宗教組織的伊爾學(xué)會(huì)使用了禁忌的魔法，擊敗了他們的死敵，成功統(tǒng)一了整個(gè)大陸的信仰。但是卻帶來了巨大的后遺癥，那就是使得神的力量遲遲無法散去，長時(shí)間遮蔽著天空，讓陽光無法照射到地面。整個(gè)西陸在此后的100多年里一直處于黑夜籠罩的狀態(tài)，這段黑歷史就被稱作為“永夜”。

主角塞法是一個(gè)孤兒，他的親生父母都是宗教革命的犧牲品。后來，他被伊爾學(xué)會(huì)的一個(gè)很有權(quán)勢的名門收養(yǎng)，成為尊貴的三公子。他的大哥是樞密卿，而二哥則是千騎長。作為被寄予厚望的貴族，塞法從小被按照學(xué)會(huì)正統(tǒng)流程培養(yǎng)，將來繼承家業(yè)。但是隱藏在塞法沉穩(wěn)性格下的內(nèi)心，卻期望著叛逃出這個(gè)家族的牢籠。

在一次任務(wù)中，塞法結(jié)識(shí)了一位東陸少女。這名少女名叫安雪，實(shí)際上的身份是東陸一個(gè)小國的公主、以及宗教抵抗組織的一位煉金師。在安雪的引導(dǎo)下，塞法一步步的開始發(fā)現(xiàn)了自己身世的秘密，同時(shí)，他和安雪的關(guān)系也一步步的靠近。