《火星：戰爭記錄》是一款動作類RPG游戲，對于劇情而言，可能會被斷斷續續的戰斗場面給弱化，所以很多玩家在劇情上不太好理解，下面初略的劇情可以供玩家整理一下思緒。

兩條線的戰斗場景都是一樣的，可能會比較失望。不過劇情是不同的，區別在幾個地方

1. 發掘現場（Worksite），反抗軍線會把整個site炸了，將軍線則不會。

2. 科技術士總部（Technomancer HQ），反抗軍線會搜到一個線索，導致Marco（也就是那個首領）殺掉了一個內鬼。將軍線則是遇到來刺殺智慧的Marco，要將其干掉。

3. ShadowLine，拿鑰匙釋放囚犯后，反抗軍線會得到線索，證明Marco勾結另外一個行會，割讓Green Hope以取得他們支持。回去可以選擇是否殺Marco，我是二話不說把丫崩了。

4. 最后場景，榮耀殺了智慧，反抗軍線會選擇是否殺了榮耀。

5. 最最最大的區別就是：將軍線里純真會被流放但是沒死，反抗軍線里主角會眼睜睜看著純真被處決。