游戲屬于RPG與格斗游戲融合，在戰斗的時候和平常玩家跑劇情，按鍵的作用都是不同的。

「戰斗操作及上手指南」

搖桿: 移動

十字鍵: 使用道具

LB&RB: 使用援助人物

LT：分身

RT: 擋架

X: 使用飛行道具

Y: 蓄力/ 引出查克拉

A: 跳躍

B: 普通攻擊

Start: 暫停

進階操作（與2代類似）

「突進&后退」

最基本的技巧, 輕按(A)2下, 人物會向目標方向移動。

按（A）1下或2下配合方向鍵可以向不同方向跳躍，距離長短根據按鍵判斷。

「投技」

使用方式: RT + (B)

投技, 也是FTG的基本功夫, 在這里只是是各種忍術奧義的另一種形態, 演出很華麗。

「連技」

本作的連技亦相當簡單, 一般都是「BBB"方向鍵"BBB...」等等。一般人物的普通連技就是↑, ↓, ←或→三種方向變化派生, 按照不同的場合和需要隨玩家操作。如果想用招式OOOO↑OOO的話, 玩家能夠先攻擊前先按著↑再按進行攻擊, 判定也會產生。