《武林立志傳》的關卡分為主線關卡、支線關卡以及隨機關卡三種，依據玩家攻克關卡的順序，將會分別產生三種結局。

主線關卡主要是進行主線故事，支線關卡乃是描寫角色間私底下的互動，而隨機關卡則是提供了各式各樣的戰場與敵人來讓玩家挑戰，并從中收集神裝和秘笈。

隨機任務“為民除害（太湖）”的開啟條件：支線任務“小姑娘的發簪（太湖）”，主線任務“昔日舊情（百花塢）”。
主線任務“陰久幽篇”的開啟條件：支線任務“沿海倭寇（倭寇巢穴）”，支線任務“丐幫叛徒（嘯云山莊）”，支線任務“昂州之亂（昂州）”，支線任務“血鷹城小故事（血鷹城）”，支線任務“詭異古城（霞朦古城）”。
主線任務“金嚴獅篇”的開啟條件：支線任務“真正的敵人（血鷹城）”，支線任務“心事重重的蓉兒（星宿湖）”，支線任務“秀麗夷州（夷州）”。
隨機任務“昂州之亂（昂州）”的開啟條件：主線任務“丐幫總舵（丐幫總舵）”，主線任務“意外之敵（巨石林）”。
隨機任務“霧里看花（惡龍潭）”的開啟條件：支線任務“通天塔圣地（通天塔）”。

影響結局以及難易度的支線任務：所謂的支線任務除了可以進行一些主角們平時對話的劇情之外，更重要的是能夠開啟地圖上的據點，隨著據點的增多，可以挑戰的隨機關卡大多數的情形都會隨之變多。
但是支線任務與主線任務、隨機任務有一個很大的差異處，那就是支線任務會隨主線的進度而消失。早期若故意不解支線任務而讓它消失，會導致很多隨機任務“看得到卻打不到”，很多當時必備的裝備和秘笈也會因此暫時拿不了。一般來說，難度會較平常更高，所以看見地圖上有支線任務出現時，可盡早攻略。
不過隱藏結局的出現條件與支線任務有關，玩家可依照自己的喜好選擇所要挑戰的路線。

若曾過關“小姑娘的發簪（太湖）”，則“太湖佳話（太湖）”不會出現。
若曾過關“許愿湖（星宿湖）”，則“心事重重的蓉兒（星宿湖）”不會出現。
若曾過關“寒冰蜘蛛（寒冰洞）”，則“意想不到（寒冰洞）”不會出現。
若曾過關“真正的敵人（血鷹城）”，則“血鷹城小故事（血鷹城）”不會出現。
若曾過關“兩小無猜（天鳴洞）”，則“暗黑洞穴（天鳴洞）”不會出現。
若曾過關“沿海倭寇（倭寇巢穴）”，則“倭寇巢穴（倭寇巢穴）”不會出現。
若曾過關“夷州狐仙（夷州）”，則“秀麗夷州（夷州）”不會出現。
若曾過關“丐幫叛徒（嘯云山莊）”，則“嘯云山莊的秘密（嘯云山莊）”不會出現。